Liczba kanałów może być różna, w zależności od rodzaju zęba i indywidualnych uwarunkowań.
Najtrudniejsze w leczeniu kanałowym są zęby trzonowe, ponieważ mają one najczęściej trzy kanały, które bywają cienkie i zakrzywione. Bywa, że czwarty kanał w zębie trzonowym jest bardzo cienki i ukryty, trudny do zlokalizowania bez mikroskopu. W zębach mądrości górnych występować może od 1 do 4, a w dolnych od 2 do nawet 5 kanałów, które często są zakrzywione, przez co utrudniają leczenie endodontyczne. Dlatego też najczęściej zęby te zostają poddawane ekstrakcji.
Korzeń zęba tkwi w zębodole i jest umocowany poprzez włókna ozębnej, które wnikają do cementu – tkanki pokrywającej powierzchnię korzenia. Na szczycie korzenia zlokalizowany jest otwór wierzchołkowy, przez który przebiegają naczynia krwionośne i nerwy. Wewnątrz korzenia znajdują się kanały – po jednym lub więcej.
Kanały korzeniowe mogą posiadać oddzielne lub wspólne ujście. Kanały wypełnia miazga, czyli bogato unerwiona i unaczyniona tkanka łączna, która spełnia funkcję odżywczą – dostarcza wraz z krwią niezbędne substancje odżywcze i tlen do zęba. Odżywiając ząb miazga kontroluje ilość substancji mineralnych i stymuluje naprawę tkanek. Pełni też funkcję czuciową odbierając bodźce wywołujące ból, stąd też potocznie nazywana bywa „nerwem” zęba.